From 4b7ef00617053dcad51d0c6f8486f258e5a3077c Mon Sep 17 00:00:00 2001
From: SOLER Fiona <s23014817@V-PJ-47-029.salsa.univ-amu.fr>
Date: Mon, 28 Oct 2024 16:17:03 +0100
Subject: [PATCH] protocole

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 README.md | 33 +++++++++++++++++++++++++++++++++
 1 file changed, 33 insertions(+)

diff --git a/README.md b/README.md
index e69de29..7c5da8a 100644
--- a/README.md
+++ b/README.md
@@ -0,0 +1,33 @@
+# Protocole du TP:
+
+## Description 
+Ce projet automatise l'exécution de quatre scripts R pour une analyse GWAS à l'aide d'un Makefile, garantissant ainsi un processus totalement automatisé.
+
+## Installation de micromamba 
+Les instructions d'installation de micromamba se trouvent dans le fichier `doc/01install.md`.
+
+## Utilisation des containers
+
+1.**Construire l'image Docker:**
+	-Accédez au dossier **containers**
+	-Exécutez la commande suivante dans le terminal :
+		docker build -t Dockerfile
+
+2.**Convertir l'image Docker en fichier SIF:**
+	-Assurez-vous que le fichier `m2bsgreprod.def` est dans le dossier **containers**
+	-Exécutez la commande suivante :
+		sudo apptainer build results/containers/m2bsgreprod3.sif results/containers/m2bsgreprod.def
+
+## Exécution
+Les étapes pour exécuter l'analyse sont détaillées dans le fichier `doc/02run.md`. 
+
+## Organisation des dossiers 
+**containers** : définitions de l'image virtuelle avec les versions spécifiques des logiciels et packages requis
+**doc** : documentation d'installation et d'exécution 
+**src** : scripts R pour l'analyse GWAS
+**workflows** : makefile pour exécuter les scripts dans l'ordre nécessaire
+**.gitignore** : fichiers à exclure de la publication
+**RELEASE.md** : historique des versions de git 
+
+## Version 
+Pour obtenir des informations sur la version, veuillez consulter le commit et la branche indiqués dans le fichier `RELEASE.md`.
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