Skip to content
Snippets Groups Projects
01install.md 1.08 KiB
Newer Older
  • Learn to ignore specific revisions
  • TRON Kelly's avatar
    TRON Kelly committed
    ## Instructions pour reproduire l'environnement et construire l'image
    
    TRON Kelly's avatar
    TRON Kelly committed
    # Installation des dépendances
    
    TRON Kelly's avatar
    TRON Kelly committed
    
    Install micromamba (si ce n’est pas déjà fait)
    
    ~~~
    curl -L https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba
    
    mkdir -p $HOME/.local/bin
    
    mv bin/micromamba $HOME/.local/bin/
    
    mkdir -p $HOME/micromamba
    ~~~
    
    Add these lines to ~/.bashrc
    
    ~~~
    export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH
    
    export MAMBA_ROOT_PREFIX=$HOME/micromamba
    
    eval "$(micromamba shell hook -s posix)"
    ~~~
    # Création d'un environnement 
    
    Create a m2bsgreprod micromamba environment and install apptainer 1.3.2
    
    ~~~
    micromamba create --name m2bsgreprod python=3.12  -c conda-forge
    
    micromamba activate m2bsgreprod
    
    micromamba install conda-forge::apptainer=1.3.2
    ~~~
    
    TRON Kelly's avatar
    TRON Kelly committed
    # Construction de l'image Apptainer
    
    TRON Kelly's avatar
    TRON Kelly committed
    
    Avant de construire l'image, assurez-vous que le fichier '.def' est présent dans votre répertoire de travail. 
    ~~~
    mkdir -p results/containers
    
    sudo /home/gonzalez/Software/micromamba/envs/m2bsgreprod/bin/apptainer  build results/containers/m2bsgreprod.sif   containers/m2bsgreprod.def
    ~~~