diff --git a/doc/01install.md b/doc/01install.md new file mode 100644 index 0000000000000000000000000000000000000000..9828d827fa687a310653265db5903bd65f25d1b5 --- /dev/null +++ b/doc/01install.md @@ -0,0 +1,47 @@ +## Instructions pour reproduire l'environnement et construire l'image +#Installation des dépendances + +Install micromamba (si ce n’est pas déjà fait) + +~~~ +curl -L https://micromamba.snakepit.net/api/micromamba/linux-64/latest | tar -xvj bin/micromamba + +mkdir -p $HOME/.local/bin + +mv bin/micromamba $HOME/.local/bin/ + +mkdir -p $HOME/micromamba +~~~ + +Add these lines to ~/.bashrc + +~~~ +export PATH=$HOME/.local/bin:$PATH + +export MAMBA_ROOT_PREFIX=$HOME/micromamba + +eval "$(micromamba shell hook -s posix)" +~~~ +# Création d'un environnement + +Create a m2bsgreprod micromamba environment and install apptainer 1.3.2 + +~~~ +micromamba create --name m2bsgreprod python=3.12 -c conda-forge + +micromamba activate m2bsgreprod + +micromamba install conda-forge::apptainer=1.3.2 +~~~ +#Construction de l'image Apptainer + +Avant de construire l'image, assurez-vous que le fichier '.def' est présent dans votre répertoire de travail. +~~~ +mkdir -p results/containers + +sudo /home/gonzalez/Software/micromamba/envs/m2bsgreprod/bin/apptainer build results/containers/m2bsgreprod.sif containers/m2bsgreprod.def +~~~ + + + +