modification de fichiers

src/tp1.R

@@ -2,21 +2,6 @@ options(repos = c(CRAN = "https://cloud.r-project.org"))
 output_dir = "results/tp1"
 dir.create(output_dir, showWarnings = F, recursive = T)
 
-# if (!require("BiocManager", quietly = TRUE))
-#  install.packages("BiocManager")
-
-#if (!require("snpStats", quietly = TRUE))
-#  BiocManager::install("snpStats")
-
-#if (!require("SNPRelate", quietly = TRUE))
-#BiocManager::install("SNPRelate")
-
-# Charger les bibliothèques
-#library(snpStats)
-#library(SNPRelate)
-#library(devtools)
-#library(plyr)
-
 # Les données analysées nécessitant beaucoup de RAM, nous allons sélectionner aléatoirement 250000 SNPs et réecrire des fichiers bed, bim, fam
 penncath_bed_path = "results/data/penncath.bed"
 penncath_bim_path = "results/data/penncath.bim"
@@ -43,3 +28,5 @@ rm(geno)
 rdata_path = file.path(output_dir, "TP1_asbvg.RData")
 save.image(rdata_path)
 
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