protocole

README.md

+# Protocole du TP:
+
+## Description 
+Ce projet automatise l'exécution de quatre scripts R pour une analyse GWAS à l'aide d'un Makefile, garantissant ainsi un processus totalement automatisé.
+
+## Installation de micromamba 
+Les instructions d'installation de micromamba se trouvent dans le fichier `doc/01install.md`.
+
+## Utilisation des containers
+
+1.**Construire l'image Docker:**
+	-Accédez au dossier **containers**
+	-Exécutez la commande suivante dans le terminal :
+		docker build -t Dockerfile
+
+2.**Convertir l'image Docker en fichier SIF:**
+	-Assurez-vous que le fichier `m2bsgreprod.def` est dans le dossier **containers**
+	-Exécutez la commande suivante :
+		sudo apptainer build results/containers/m2bsgreprod3.sif results/containers/m2bsgreprod.def
+
+## Exécution
+Les étapes pour exécuter l'analyse sont détaillées dans le fichier `doc/02run.md`. 
+
+## Organisation des dossiers 
+**containers** : définitions de l'image virtuelle avec les versions spécifiques des logiciels et packages requis
+**doc** : documentation d'installation et d'exécution 
+**src** : scripts R pour l'analyse GWAS
+**workflows** : makefile pour exécuter les scripts dans l'ordre nécessaire
+**.gitignore** : fichiers à exclure de la publication
+**RELEASE.md** : historique des versions de git 
+
+## Version 
+Pour obtenir des informations sur la version, veuillez consulter le commit et la branche indiqués dans le fichier `RELEASE.md`.